Stanowią obok glonów najczęściej stosowany wskaźnik jakości wód. Te spośród nich, które odznaczają się niewielką mobilnością, stanowią dobry wskaźnik lokalnego stanu wód. Gatunki mobilne są natomiast wskaźnikiem jakości wody na większym obszarze lub dłuťszym odcinku rzeki. Do oceny jakości wód rzecznych szczególnie przydatne są makrobezkręgowce bentosowe zamieszkujące osady denne.